多肽的純度是通過利用HPLC測定目標肽中肽鍵的紫外吸收進行測定，水和殘留的鹽類并不能通過UV檢測器進行測定。其主要雜質包括：殘缺序列肽（比目的肽少一個或更多氨基酸殘基的短肽）、截序列（因防止殘缺序列肽的產生封端產生的多肽）、不完全的脫保護肽（合成或者最終切割過程中產生的多肽）。
